окулярами. На экране монитора было видно, как он проткнул янтарь иглой,
введя ее в грудной отдел доисторической мухи.
- Если у этого насекомого содержатся инородные клетки крови, мы
сможем извлечь их и получить палео-ДНК или ДНК вымершего животного.
Наверняка мы, конечно, не знаем, пока не извлечем все, что там есть,
проведем репликацию и проверку. Этим мы занимались последние пять лет. Дело
шло медленно, но результаты мы все-таки получили.
Вообще-то с помощью этого процесса легче получить ДНК динозавра,
чем ДНК млекопитающих. Дело в том, что у последних эритроциты не имеют ядер.
Чтобы воспроизвести млекопитающее, нужно найти лейкоциты, которые
встречаются гораздо реже, чем эритроциты. Но у динозавров эритроциты имеют
ядра, как у современных птиц. Кстати, это одно из многих подтверждений того,
что динозавры на самом деле не рептилии. Это огромные, покрытые кожей птицы.
Тим обратил внимание, что выражение лица у доктора Гранта было
все еще недоверчивым, а Деннис Недри, неопрятный суетливый толстяк, не
проявлял абсолютно никакого интереса, как будто все это он уже знал. Недри
нетерпеливо посматривал в сторону следующей комнаты.
- Я вижу, что мистер Недри интересуется следующим этапом нашей
работы,- заметил Ву,- на котором мы расшифровываем полученную ДНК. Делаем мы
это с помощью очень мощных компьютеров.
Через раздвижную дверь они вошли в следующую комнату. Здесь было
прохладно и раздавалось громкое гудение. Два высоких двухметровых аппарата
круглой формы возвышались в центре комнаты. Вдоль стен тянулись ряды ящиков
из нержавеющей стали.
- Это наша высокотехнологичная прачечная-автомат,- с гордостью
сказал доктор Ву,- а аппараты вдоль стены - автоматические генные
секвенаторы /Устройство для определения первичной структуры макромолекул/
фирмы "Хамачи-Худ". Ими управляют с огромной скоростью суперкомпьютеры
"Крей-Экс-Эм-Пи", вы их видите в центре комнаты. По сути, комната
представляет собой генную фабрику удивительной мощности.
В помещении стояло несколько мониторов. Данные мелькали на
экране с такой скоростью, что разобрать что-нибудь было просто невозможно.
Нажав кнопку, Ву остановил на дисплее таблицу:
1 GCGTTGCTGG CGTTTTTCCA TAGGCTCCGC CCCCCTGACG AQCATCACAA AAATCGACGC
61 GGTGGCGAAA CCCGACRGGA CTATAAAGAT ACCAGGCQTT TCCCCCTGGA AQCTCCCTCG
121 TQTTCCGACC CTGCCGCTTA CCGGATACCT GTCCGCCTTT CTCCCTTCGG GAAGCGTGGC
181 TGCTCACGCT GTAGGTATCT CAGTTCGGTG TAGGTCGTTC GCTCCAAGCT GGGCTGTGTG
241 CCGTTCAGCC CGACCGCTGC GCCTTATCCQ GTAACTATCG TCTTGAGTCC AACCCGGTAA
301 AGTAGGACAG GTGCCGGCAG CGCTCTGGGT CATTTTCGGC GAGGACCGCT TTCGCTGGAG
361 ATCGGCCTGT CGCTTGCGGT ATTCGGAATC TTGCACGCCC TCGCTCAAGC CTTCGTCACT
421 CCAAACGTTT CGGCGAGAAG CAGGCCATTA TCGCCGGCAT GGCGGCCGAC GCGCTGGGCT
481 GGCGTTCGCG ACGCGAGGCT GGATGGCCTT CCCCATTATG ATTCTTCTCG CTTCCGGCGG
541 CCCGCGTTGA GGCCATGCTG TCCAGGCAGG TAGATGACGA CCATCAGGGA CAGCCTTCAA
601 CGGCTCTTAC CAGCCTAACT TCGATCACTG GACCGCTGAT CGTCACGGCG ATTTATGCCG
661 CACATGGACG CGTTGCTGGC GTTTTTCCAT AGGCTCCGCC CCCCTGACGA GCATCACAAA
721 CAAGTCAGAG GTGGCGAAAC CCGACAGGAC TATAAAGATA CCAGGCGTTT CCCCCTGGAA
781 GCGCTCTCCT GTTCCGACCC TGCCGCTTAC CGGATACCTG TCCGCCTTTC TCCCTTCGGG
841 CTTTCTCAAT GCTCACGCTG TAGGTATCTC AGTTCGGTGT AGGTCGTTCG CTCCAAGCTG
901 ACGAACCCCC CGTTCAGCCC GACCGCTGCG CCTTATCCGG TAACTATCGT CTTGAGTCCA
961 ACACGACTTA ACCGGGTTGG CATGGATTGT AGGCGCCGCC CTATACCTTG TCTGCCTCCC
1021 GCGGTGCATG GAGCCGGGCC ACCTCGACCT GAATGGAAGC CGGCGGCACC TCGCTAACGG
1081 CCAAGAATTG GAGCCAATCA ATTCTTGCGG AGAACTGTGA ATGCGCAAAC CAACCCTTGG
1141 CCATCGCGTC CGCCATCTCC AGCAGCCGCA CGCGGCGCAT CTCGGGCAGC GTTGGGTCCT
1201 GCGCATGATC GTGCT@@ AGCCTG GAGGACCCGG CTAGGCTGGC GGGGTTGCCT
1281 ATGAATCACC GATACGCGAG CGAACGTGAA GCGACTGCTG TGCAAAACGT TGCGACCTAA
1341 ATGAATGGTC TTCGGTTTCC GTGTTTCGTA AAGTCTGGAA ACGCGGAAGT CAGCGCCCTG
- Здесь мы можем видеть подлинную структуру небольшой части
цепочки ДНК динозавра,- начал объяснять Ву.- Обратите внимание, что
последовательность состоит из четырех основных соединений - аденина, тимина,
гуанина, цитозина. В этом участке ДНК, вероятно, содержатся указания, как
создать молекулы белка, например, гормона или фермента. Полная молекула ДНК
содержит три миллиона таких оснований. Если каждую секунду на этом экране в
течение восьми часов в день будет появляться новая таблица, на то, чтобы
увидеть полную цепочку ДНК у нас уйдет два года. Вот какие у нее размеры.
- Вот вам типичный пример,- он показал на экран,- поскольку
здесь в строке 1201 цепочка содержит ошибку. ДНК, которую мы получаем, как
правило бывает в виде отдельных фрагментов или неполной. Поэтому мы начинаем
с того, что как бы чиним ее, вернее, этим занимается компьютер. Он перережет
цепочку ДНК, используя так называемые рестрикционные ферменты. Компьютер
выбирает целую группу различных ферментов, которые и выполняют поставленную
задачу.
1 GCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGC
61 GCTGGCGAAACCGGACRGGACTATAAAGATACCAGCTTTCCCCCTGCAAGCTCCCTCGNN
tp04
121 TGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCCCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGC
181 TGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTACGTCGTTCGCTCCAACCTGGGCTGTCTG
BronUY
241 CCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAA
301 AGTAGGACAGGTGCCGGCAGCGCTCTGGGTCATTTTCGGCGACGACCCCTTTCGCTCGAG
434Dnxl AoUBa
361 ATCCGCCTGTCGCTTGCGGTATTCGGAATCTTCCACGCCCTCGCTCAAGCCTTCGTCACT
421 CCAAACCTTTCGGCGAGAAGCAGGCCATTATCGCCGGCATGGCGGCCGACGCGCTGGGCT
481 GCCGTTCGCGACGCGAGGCTGGATGGCCTTCCCCATTATGATTCTTCTCGCTTCCGGCGG
541 CCCGCGTTGAGGCCATGCTGTCCAGGCAGGTAGATGACGACCATCAGGGACAGCCTTCAA
601 CGGCTCTTACCACCCTAACTTCGATCACTGGACCGCTGATCGTCACGGCGATTTATCCCG
Nsp04
661 CACATGGACGCCTTGCTGGCGTTTTTCCATAGCCTCCGCCCCCCTCACGAGCATCACAAA
721 CAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCCACAGGACTATAAAGATACCACGCGTTTCCCCCTGGAA
924Caolll DinoLdn
781 GCGCTCCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCTTCGGG
841 CTTTCTCAATCCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCCCTCCAAGCTG
901 ACGAACCCCCGTTCAGCCCGACCCCTGCGCCTGTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCA
961 ACACGACTTAACCGGGTTGGCATGGATTGTAGGCGCCGCCCTATACCTTGTCTGCCTCCC
1021 GCGGTGCATCGAGCCGGGCCACCTCGACCTGAATGGAAGCCGGCGGCACCTCGCTAACGG
1081 CCAAGAATTGGAGCCAATCAATTCTTGCGGAGAACTGTGAATGCGCAAACCAACCCTTGG
1141 CCATCGCGTCCGCCATCTCCAGCAGCCGCACGCGGCGCATCTCGGGCAGCCTTGGGTCCT
1416DnxTl
SSpd4
1201 GCCCATGATCGTGCTAGCCTGTCGITGAGGACCCGGCTACGCTGGCGGCGTTGCCTTACT
1281 ATCAATCACCGATACGCGACCGAACGTGAACCGACTGCTGCTGCAAAACCTCTGCGACCT
- Перед вами тот же участок цепочки. Вы видите местоположение
рестрикционных ферментов. На строчке 1201 вы видите, как два фермента
перерезали поврежденный участок с обеих сторон. Обычно компьютеры у нас сами
решают, какими средствами они воспользуются. С другой стороны, нам нужно
знать, какие пары оснований необходимо вставить, чтобы исправить
повреждение. Для этого мы сопоставляем разные участки, разрезанные
ферментами. Как, например, здесь.
Сопоставление последовательности рестрикционных ферментов Код:
С= сравнение Р= развернутое сравнение П= подтверждение сравнения 0=
окончание
____________________________________________________________________________
Последовательность ь 1 1820 бит/сек
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
=============================== 1
================== 2 ====================== 3
=================== 4
=========== 5
==================================== 6
Последовательность ь 2 1202 бит/сек
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
============================================= 7
============ 8 ========================== 9
- Теперь мы ищем такой участок цепочки, который перекрывает
поврежденное место. Так мы узнаем, чего там не хватает. Вы увидите, что,
таким образом, мы сможем исправить поврежденный участок. Темные полосы на
экране - это ограниченные участки - маленькие отрезки ДНК динозавра. Мы
разрезали их с помощью ферментов и проанализировали. Теперь компьютер сое-
диняет их снова путем поиска накладывающихся участков кода ДНК. Это
напоминает решение головоломки. Компьютер делает это очень быстро.
1 GCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAQCATCACAAAAATCGACGC
61 GGTGGCGAAACCCGACRGGACTATAAAGATCCCAGGCQTTTCCCCCTGGAAQCTCCCTGC
121 TQTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGC
181 TGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTG
241 CCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCQGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAA
301 AGTAGGACAGGTGCCGGCAGCGCTCTGGGTCATTTTCGGCGAGGACCGCTTTCGCTGGAG
361 ATCGGCCTGTCGCTTGCGGTATTCGGAATCTTGCACGCCCTCGCTCAAGCCTTCGTCACT
421 CCAAACGTTTCGGCGAGAAGCAGGCCATTATCGCCGGCATGGCGGCCGACGCGCTGGGCT
481 GGCGTTCGCGACGCGAGGCTGGATGGCCTTCCCCATTATGATTCTTCTCGCTTCCGGCGG
541 CCCGCGTTGAGGCCATGCTGTCCAGGCAGGTAGATGACGACCATCAGGGACAGCCTTCAA
601 CGGCTCTTACCAGCCTAACTTCGATCACTGGACCGCTGATCGTCACGGCGATTTATGCCG
661 CACATGGACGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAA
721 CAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAA
781 GCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGG
841 CTTTCTCAATGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTG
901 ACGAACCCCCCGTTCAGCCCACCGCTGCGCCTTATCCGGTCAACTATCGTCTTGAGTCCA
961 ACACGACTTAACCGGGTTGGCATGGATTGTAGGCGCCGCCCTATACCTTGTCTGCCTCCC
1021 GCGGTGCATGGAGCCGGGCCACCTCGACCTGAATGGAAGCGCGCGGCACCTCGCTAACGG
1081 CCAAGAATTGGAGCCAATCAATTCTTGCGGAGAACTGTGAATGCGCAAACCAACCCTTGG
1141 CCATCGCGTCCGCCATCTCCAGCAGCCGCACGCGGCGCATCTCGGGCAGCGTTGGGTCCT
1201 GCGCATGATCGTGCTCCTGTCGTTAGCCTGGAGGACCCGGCTAGGCTGGCGGGGTTGCCT
1281 ATGAATCACCGATACGCGAGCGAACGTGAAGCGACTGCTGTGCAAAACGTTGCGACCTAA
1341 ATGAATGGTCTTCGGTTTCCGTGTTTCGTAAAGTCTGGAAACGCGGAAGTCAGCGCCCTG
- И вот перед вами воссозданная компьютером цепочка ДНК. На
работу, которую мы с вами провели, в обычной лаборатории ушли бы месяцы, а у
нас - секунды.
- Значит, вы работаете с полной цепочкой ДНК? - поинтересовался
Грант.
- Да нет,- сказал Ву.- Это невозможно. Мы добились большого
прогресса по сравнению с шестидесятыми. Тогда на дешифровку такого кода у
целой лаборатории ушло бы четыре года. Теперь компьютеры делают это в
течение нескольких часов. Однако даже сейчас мы не можем развернуть всю
цепочку. Мы исследуем только те ее участки, которые отличают динозавра от
других доисторических животных или не встречаются в современных молекулах
ДНК. Межвидовое расхождение по нуклеотидам не превышает нескольких
процентов, но все равно, чтобы их проанализировать нужно провести очень
большую работу.
Деннис Недри зевнул. Он давно уже понял, чем примерно должны
заниматься в "ИнДжин". Несколько лет назад, когда Недри наняли в "ИнДжин"
для того, чтобы он разработал системы управления Парком, он удивился,
увидев, что согласно техническому заданию длина групп разрядов числовых
данных должна достигать не менее З Х 10^9. Сначала Недри подумал, что тут
какая-то ошибка, и позвонил в Пало-Альто. Однако там ему сказали, что
требование правильное, действительно, три миллиарда разрядов чисел.
С большими системами Недри приходилось работать много и в
прошлом. Профессиональный авторитет он заработал, создавая
межконтинентальные линии телефонной связи для транснациональных корпораций.
Такие системы обычно требуют несколько миллионов записей. К подобной работе
он привык. Но в "ИнДжин" хотели создать что-то немыслимо гигантское. Не по-
нимая в чем дело, Недри поехал к Барни Феллоузу, который работал в компании
"Симболикс" в Кембридже.
- Послушай, Барни,- спросил он своего приятеля,- что это за база
данных, которая требует трех миллиардов записей?
